| 1981 |
長倉三郎第2代所長就任
岡崎国立共同研究機構発足
（分子科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所）
理論研究系増設 |
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| 1982 |
極端紫外光実験施設（UVSOR）設置
極端紫外光実験棟第１期工事竣工 |
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| 1983 |
電子構造研究系増設
分子集団研究系増設
極端紫外光実験棟第２期工事竣工
極端紫外光実験施設ストレージリング装置に電子貯蔵成功 |
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| 1984 |
錯体化学実験施設新設
流動研究部門制度発足
極端紫外光実験施設披露 |
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| 1985 |
分子科学研究所創設10周年記念式典 |
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| 1987 |
井口洋夫第3代所長就任 |
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| 1989 |
分子集団研究系増設
相関領域研究系増設
南実験棟竣工 |
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| 1991 |
極端紫外光研究系新設
分子集団研究系改組
極端紫外光実験棟（増築）竣工 |
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| 1993 |
伊藤光男第4代所長就任 |
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| 1994 |
電子計算機センター棟（増築）竣工 |
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| 1995 |
相関領域研究系改組
理論研究系増設
分子科学研究所20周年記念式典 |
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| 1996 |
相関領域研究系増設 |
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| 1997 |
機器センター、極低温センター、化学試料室廃止
分子制御開発研究センター、分子物質開発研究センター設置 |
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| 1999 |
茅 幸二第5代所長就任 |
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| 2000 |
電子計算機センター、錯体化学実験施設錯体合成研究部門（流動）廃止
電子計算機室設置
共通研究施設設置 |
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| 2002 |
相関領域研究系分子クラスター研究部門（流動）、分子物質開発研究センター廃止
分子スケールナノサイエンスセンター設置
山手2号館竣工
山手1号館A竣工 |
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| 2003 |
山手4号館竣工 |
