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The 999th IMS colloquium

Lecture Title "Understanding and Predicting Intracellular Molecular Dynamics Through Computational Science"
Date Wednesday 30 September 2026 16:00
Lecturer Dr. Yuji Sugita, Chief Scientist, RIKEN
Place

Research Building Room 201
Summary

※ This colloquium will be held in Japanese.

細胞は全ての生命の基本単位であり、その内部にはタンパク質や核酸、糖鎖、イオンや代謝物などが高濃度で存在している。このような分子混雑環境における生体分子の構造・ダイナミクス・相互作用・機能を原子・分子レベルの解像度で理解することは生命科学のみならず創薬や医学においても重要であるが、一方で多くの障壁が存在していた。我々は、計算科学による細胞内分子動態の理解と予測を目指して分子動力学ソフトウェアGENESISの開発を2009年から行い、ハイブリッド並列化、粗視化・全原子・QM/MMモデルを用いたマルチスケールシミュレーション、実験データと分子動力学を統合したIntegrated modeling、拡張アンサンブル法などによる自由エネルギー解析などを開発/導入してきた。また、GENESISを「京」や「富岳」に最適化することで大規模なシミュレーションが可能となり、多くの実験グループと連携した研究も行ってきた。本コロキウムでは、計算手法の開発と、それによって実現した細胞内分子動態の計算について紹介するとともに、「富岳NEXT」に向けた新たな取り組みについても述べる。
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Kei-ichi Okazaki & Yasunori Okamoto (IMS colloquim FY2026 committee)
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