分⼦科学研究所では平成23年度より若⼿独⽴フェロー制度を試⾏する。独⽴した研究室を主宰し、独⾃の着想で新たな分⼦科学を切り拓く意欲のある若⼿研究者を若⼿独⽴フェローとして採⽤する(研究費も支給。ただし、使途については制限あり)。応募時点で、博⼠号取得⾒込み(採⽤時には取得済みであること)あるいは博⼠号取得後2年以内の研究員、または海外で研究を⾏っている博⼠研究員(帰国後1年以内を含む)を対象とする。任期は5年とする。なお、任期途中あるいは任期終了後、分⼦科学研究所の教授、准教授への応募も可能である。