| 1975年4月 |
分子科学研究所創設（4月22日） 赤松秀雄 初代所長着任 分子構造研究系，電子構造研究系，分子集団研究系設置（2007年3月まで） 機器センター設置（1997年3月まで），装置開発室設置 |
| 1976年5月 |
理論研究系設置（2004年3月まで） 相関領域研究系設置（2007年3月まで） 化学試料室設置（1997年3月まで） |
| 1976年11月 | 実験棟第１期工事竣工 |
| 1977年4月 |
電子計算機センター設置（2000年3月まで） 極低温センター設置（1997年3月まで） |
| 1978年3月 | 研究棟，装置開発棟，機器センター棟，化学試料棟竣工 |
| 1979年3月 | 電子計算機センター棟，実験棟第2期工事，極低温センター棟竣工 |
| 1979年11月 | 分子科学研究所創設披露式挙行 |
| 1981年4月 |
長倉三郎 第二代所長着任 岡崎国立共同研究機構創設（2004年3月まで） |
| 1982年4月 | 極端紫外光実験施設（UVSOR）設置（2004年3月まで） |
| 1982年6月 | 極端紫外光実験棟第1期工事竣工 |
| 1983年3月 | 極端紫外光実験棟第2期工事竣工 |
| 1983年11月 | 極端紫外光実験施設ストレージリング装置にて電子貯蔵成功（11月10日） |
| 1984年2月 | 極端紫外光実験施設披露 |
| 1984年4月 | 錯体化学実験施設設置（2007年3月まで） |
| 1985年5月 | 分子科学研究所創設10周年記念式典挙行 |
| 1987年4月 | 井口洋夫 第三代所長着任 |
| 1988年10月 |
総合研究大学院大学開学 数物科学研究科（2004年3月まで，以降は物理科学研究科） 構造分子科学専攻，機能分子科学専攻 |
| 1989年2月 | 南実験棟竣工 |
| 1991年3月 | 極端紫外光実験棟（増築）竣工 |
| 1991年4月 | 極端紫外光科学研究系設置（2007年3月まで） |
| 1993年4月 | 伊藤光男 第四代所長着任 |
| 1994年1月 | 電子計算機センター棟（増築）竣工 |
| 1995年5月 | 分子科学研究所創設20周年記念式典挙行 |
| 1997年4月 |
分子制御レーザー開発研究センター設置 分子物質開発研究センター設置（2002年3月まで） |
| 2000年4月 |
茅幸二 第五代所長着任 電子計算機室設置 共通研究施設（岡崎統合バイオサイエンスセンター（2018年3月まで）、 計算科学研究センター、動物実験センター、アイソトープ実験センター）設置 |
| 2002年2月 | 山手2号館（岡崎統合バイオサイエンスセンター，計算科学研究センター）竣工 |
| 2002年3月 | 山手1号館Ａ（動物実験センター，アイソトープ実験センター）竣工 |
| 2002年4月 | 分子スケールナノサイエンスセンター設置（2013年3月まで） |
| 2003年8月 | 山手4号館（分子スケールナノサイエンスセンター）竣工 |
| 2004年3月 | 山手3号館（岡崎統合バイオサイエンスセンターなど），山手5号館（ＮＭＲ）竣工 |
| 2004年4月 |
大学共同利用機関法人自然科学研究機構創設 中村宏樹 第六代所長着任 理論分子科学研究系，計算分子科学研究系設置（2007年3月まで） 極端紫外光研究施設，安全衛生管理室設置 |
| 2005年5月 | 分子科学研究所 創設30周年記念式典挙行 |
| 2007年4月 |
4科学研究領域に研究組織再編成 機器センター再設置，広報室及び史料編纂室設置（2013年9月まで） |
| 2010年3月 | 実験棟改修第１期工事竣工 |
| 2010年4月 | 大峯巖 第七代所長着任 |
| 2011年3月 | 実験棟改修第2期工事竣工 |
| 2013年4月 | 協奏分子システム研究センター設置 |
| 2013年10月 | 研究力強化戦略室設置 |
| 2016年4月 | 川合眞紀 第八代所長着任 |
| 2017年4月 | メゾスコピック計測研究センター設置 |
| 2018年4月 | 生命創成探究センター設置（自然科学研究機構） |
| 2021年4月 | 分子研技術課、技術推進部に改組 |
| 2022年4月 | 渡辺芳人 第九代所長着任 |
| 2024年7月 | 岡崎連携プラットフォーム（岡崎共通研究施設）設置 |
| 赤松初代所長の発案により、分子研のロゴマークが所内で募集され、田中健一郎助手（当時）案が採用されました（右図）。これは、原子のd軌道を図案化したもので、IMSの文字になっているように見えます。当初は青のバックにロゴマークが黄色で印刷されましたが、その後、ロゴマークが青色で定着しました。電子の軌道は分子科学で最も基本的なコンセプトであることから、多くの人々に分子研のマークとして愛着を持たれています。 |
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