分子科学研究所は「明大寺」「山手」の2つのキャンパスがあります。
	
	キャンパスは、名鉄「東岡崎」駅の南側徒歩圏内に位置しています。キャンパス間は徒歩15分程度の距離にあり、徒歩で行き来できます。また、キャンパス間で連絡バスが運行されています。
	
	 
| 1 | 研究棟(1階:分子研受付) | 2 | 実験棟 | 3 | 南実験棟 | 
| 4 | 計算科学研究センター棟 | 5 | 共同研究棟 A棟 | 6 | 共同研究棟 B棟 | 
| 7 | 共同研究棟 C棟 | 8 | 共同研究棟 D棟 | 9 | 共同研究棟 UVSOR棟 | 
| 10 | 事務センター棟 | 11 | 岡崎情報図書館 | 12 | 職員会館(食堂、岡崎生協) | 
| 13 | エネルギーセンター | 14 | 警備員室 | 15 | 明大寺ロッジ | 
| 16 | 三島ロッジ | 17 | 岡崎コンファレンスセンター | 
	※A棟=旧 極低温棟、B棟=旧 装置開発室、C棟=旧 レーザーセンター、
	 D棟=旧 化学試料棟、UVSOR棟=旧 極端紫外光実験棟
	
	 
| 18 | 山手1号館 A | 19 | 山手1号館 B | 20 | 山手2号館 | 
| 21 | 山手3号館(岡崎生協) | 22 | 山手4号館 | 23 | 山手5号館 | 
| 24 | IBBPセンター棟 | 
