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研究者詳細

assoc

奥村 久士

おくむら ひさし / OKUMURA, Hisashi

TEL: 0564-55-7277
FAX: 0564-55-7025
メールアドレス: hokumura_at_ims.ac.jp(_at_ は@に置き換えて下さい)
所属研究室:
場所: 明大寺キャンパス 計算センター棟225号室

所属

生命創成探究センター 創成研究領域 生命分子動態シミュレーション研究グループ
理論・計算分子科学研究領域 計算分子科学研究部門(併任)
計算科学研究センター(併任)

略歴

1998年 慶應義塾大学理工学部卒業
2000年 慶應義塾大学大学院理工学研究科物理学専攻 博士前期課程修了
2002年 慶應義塾大学大学院理工学研究科基礎理工学専攻 博士後期課程修了 博士(理学)
2002年 東京大学工学系研究科 日本学術振興会特別研究員(PD)
2002年 分子科学研究所 助手
2004年 総合研究大学院大学 助手(併任)
2006年 名古屋大学理学研究科 COE特任講師
2008年 米国ラトガース大学 研究助手
2009年 米国ラトガース大学 研究助教授
2009年 分子科学研究所 准教授
           総合研究大学院大学 准教授
2018年 生命創成探究センター 准教授

主な研究テーマ

生体分子動力学シミュレーション:タンパク質の折りたたみ、変性、凝集、アミロイド線維
キーワード 分子動力学シミュレーション,拡張アンサンブル法,タンパク質
PDF Annual Review : PDF

代表的な論文・著書

  1. H. Okumura and S. G. Itoh, “Structural and fluctuational difference between two ends of Aβ amyloid fibril: MD simulation predicts only one end has open conformations”, Sci. Rep. 6, 38422 (9 pages) (2016).
  2. S. G. Itoh and H. Okumura, “Oligomer formation of amyloid-β(29-42) from its monomers using the Hamiltonian replica-permutation molecular dynamics simulation”, J. Phys. Chem. B 120, 6555-6561 (2016).
  3. H. Okumura and S. G. Itoh, “Amyloid fibril disruption by ultrasonic cavitation: Nonequilibrium molecular dynamics simulations,” J. Am. Chem. Soc. 136, 10549-10552 (2014).
  4. S. G. Itoh and H. Okumura: “Replica-permutation method with the Suwa-Todo algorithm beyond the replica-exchange method”, J. Chem. Theory Comput. 9, 570-581 (2013).